腸内細菌は一般に「善玉菌」「悪玉菌」「日和見菌（ひよりみきん）」の三種に大別されることがあります。ただし、これはわかりやすさのための分類であり、実際には菌の作用は環境によって変化し、単純な「善悪」で語れるものではありません。

健康な成人の腸内では、善玉菌・悪玉菌・日和見菌がおおむね一定の比率で共存しているとされ、そのバランスの維持がより重要と考えられています。善玉菌の代表例としてはビフィズス菌や乳酸菌が、悪玉菌の例としてウェルシュ菌などが挙げられます。日和見菌は多数派を占め、善玉菌・悪玉菌のどちらが優勢かによって働きが変わるとされています。

腸内細菌叢の形成は出生時から始まると考えられています。分娩の方法（経腟分娩・帝王切開）や授乳の種類（母乳・人工乳）なども、乳児期の腸内細菌叢の構成に影響しうることが報告されています。ただし、その後の環境や食生活の影響も大きく、単一の要因だけで決まるものではありません。

乳児期はビフィズス菌が多い傾向があるとされますが、離乳食の開始とともに多様化が進み、成人に近い構成へと変化していきます。高齢期には、腸内細菌叢の多様性が低下しやすいことが一部の研究で示されています。ただし、個人差が大きいため、年齢だけで腸内環境を評価することは難しい面があります。

腸内細菌叢は静的なものではなく、日々の生活習慣によって変化しうることが知られています。主な影響因子として以下が挙げられます。

• 食物繊維：野菜・豆類・海藻・全粒穀物に含まれる食物繊維は、腸内細菌の発酵基質となることが報告されています。
• 発酵食品：ヨーグルト・納豆・味噌などに含まれる乳酸菌やビフィズス菌が腸内環境に影響する可能性が示されていますが、その効果は個人差があります。
• 睡眠・運動：慢性的な睡眠不足やストレスが腸内細菌叢に影響しうることを示す研究があります。
• 抗菌薬（抗生物質）：抗菌薬は感染症の治療に不可欠ですが、腸内細菌叢を大きく変化させることがあります。使用後に腸内細菌叢が回復するまでの時間は個人によって異なります。

腸内細菌叢の構成と肥満・インスリン感受性・脂質代謝との関連を示す研究が複数存在します。しかし、これらは食事内容・運動・遺伝的素因・睡眠など多くの因子が複合的に関わっており、腸内細菌叢だけで体重や代謝が決まるものではありません。現時点では、生活習慣全体を見直すことがより重要と考えられています。

腸管は全身の免疫細胞の多くが集まる器官であり、腸内細菌叢と免疫調節の関わりを示す研究が進んでいます。アレルギー疾患や炎症性腸疾患（クローン病・潰瘍性大腸炎）との関連も研究されていますが、多くは基礎研究や観察研究の段階であり、臨床応用に至るまでにはさらなる検討が必要です。

腸に関する症状は、まず内科・消化器内科・消化器外科への受診が目安となります。かかりつけ医がいる場合はまずそちらにご相談いただくのもよいでしょう。症状の性質によっては他の診療科への紹介が行われることもあります。